《孢子》包含六个不同阶段的主题：Tidepool阶段、进化发展、部族形成阶段、城市阶段、社会文明阶段、侵略扩张阶段。
孢子阶段简析
孢子游戏各阶段都有自己的独特玩法，以下左边的是阶段名称，右边的是比喻该阶段类型的其他游戏
1.细胞阶段 相似的游戏：大鱼吃小鱼
2.生物阶段 相似的游戏：暗黑破坏神
3.部落阶段 相似的游戏：文明
4.星球阶段 相似的游戏：模拟城市
5.太空阶段 相似的游戏：模拟地球、毁灭全人类、第三类接触、星舰奇航记、2001太空漫游、银河霸主
前四阶段，如果玩家不花费太多时间在修改生物，需时约10~15小时。
每一个阶段所使用的“货币”也有所不同。
细胞阶段
细胞阶段时使用2D画面，在进食较弱的微生物或植物后取得DNA点数，得到某个数量后可以进入微生物编辑器，使用DNA点数加强微生物，然后进入更接近地面的阶段。 如果玩家控制的微生物死亡，会在上一阶段重生。
这阶段的货币是DNA点数。
生物阶段
在生物阶段时开始使用3D画面，玩法和细胞阶段阶段类似。
在微生物进入陆地前，系统将会修改星球以使生态平衡。亦会依玩家生物的能力下载其他生物，如果玩家的生物巨型、强大，则在星球上将会出现和玩家强度相约的生物。
生物的属性为：速度、隐密性、防御力、社会性、外貌、攻击力；以五星级为最高。同时会获得各种能力，包括呼唤同伴、跳跃等。
在生物阶段，胜利条件为进食以取得DNA点数、繁殖和避免被肉食生物吃掉。不同于细胞阶段的无性繁殖，玩家需要找寻配偶。在玩家的生物下蛋后，并不会立即孵化，玩家需要保护蛋以免被偷取。（玩家同样可以偷取或吃掉其他生物的蛋）
在蛋孵化前，玩家可以在编辑器使用DNA点数修改下一代、购买新肢体，然后在孵化后，玩家将以此蛋所孵化的婴孩来继续游戏。
